| dorot... |
::: 오셨네요 ^^ㅎㅎ 근데 이기사 보셨나요? 아릉님도 나오던데 전 ssu로 실렸답니다~;;http://news.naver.com/news/read.php?mode=LSD&office_id=028&article_id=0000136862§ion_id=105&menu_id=105 파일은 다운받는중....
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 eouia... |
::: 잘 봤습니다. 좋은 자료 감사하고 아주 쉽게 설명해놓으셨네요.
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 blue |
::: 원본과 상관없이 6일날 강양구 기자가 발표했으면 게임은 끝난것인데...정말 아쉽습니다...전공과 상관없이 초등학생에게 설명해도 이해 할것입니다....
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 spart... |
::: dorot... 님 링크가 안됐네요... 다시좀...
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 dorot... |
::: http://news.naver.com/news/read.php?mode=LSD&office_id=028&article_id=0000136862§ion_id=105&menu_id=105 링크 되나요? 쉴때 보세요 ^^
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 s_lon... |
::: finger printing raw data 의 그림 파일을 그대로 복사한 것은 아니고 GeneScan 이라는 프로그램으로 하나의 raw data를 cut-off 값등을 달리하여 두개의 이미지로 만들었다는 의혹을 품으신거죠...?
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 관리자 |
::: 안녕하세요, 실험연구Q&A에 첨부하신 내용은 다른 게시판을 이용해주셨으면 합니다, 실험연구Q&A본연의 성격과 상이한 면이 있습니다 http://gene.postech.ac.kr/bbs/zboard.php?id=discuss 을 이용하시면 첨부파일을 업로드 하실수 있습니다, 실험연구Q&A에는 내용을 직접 삭제해주십시요
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 gene9... |
::: 관리자님~ 받들어 모시겠습니다. 세세한 웹지도를 모르다보니 그렇게 되었습니다. 잠시만요~~~
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 nice_... |
::: 처음에 아름님께서 의문을 제기 하셨을때 제 눈에는 그다지 같아 보이지 않고 몇개의 노이즈가 달라보여 그다지 동의하지 못했었는데 정리해주신 자료를 보니 이제서야 아릉님의 의문이 사실일 가능성이 매우 높다는 확신이 섭니다. 아마도 제가 경험이 없어 데이터 분석에 서툴렀던거 같습니다. 정리하느라 고생하셨구요.. 아릉임의 의견에 적극 동의하는 바입니다. 적어도 황교수가 데이터를 사실에 입각하지 않고 올리것 만은 확실한거 같습니다. 이유가 여러가지가 있겠지만 연구 자체의 거짓보다는 데이터를 쉽게 뽑아 시간을 벌기 위함이었을 것이라는 느낌이지만 진실은 황교수나 그 아래 연구원들만이 알고 있겠지요. 해명이 있어야함에는 분명한듯 싶습니다. 수고하셨습니다.
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 gene9... |
::: 수정했습니다.
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 skych... |
::: S-lon../님 저는 그보다는 동일한 DNA의 독립적인 fingerprint라고 아릉~님께서 의심하신 것 같은데요.. 왜냐하면 noise pattern이 분명 다른 것도 있으니까요.. (만약 생각있는 조작가라면) 이미지나 핑거프린트 sofrware 를 사용하지 않고 동일 DNA 시료를 사용하여 두번 PCR-fingerprint한 다음, 각각 개별시료처럼 보이게 만들려고 하려니까요.. (초등이 아닌 이상...)
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 moon9... |
::: 잘봤습니다. 저도 ABI3100사용하여 AmpFLSTR Profiler plus kit 을 사용하고 있는 연구원입니다. 너무나도 흡사합니다. PCR Product를 같은 샘플을 2회 running 했다고 보여지는 data들이 있네요. 의심할만한 여지가 충분히 있습니다. 황교수님의 논문에 옆에 세로축의 peak intensity가 나와있었으면 더 좋은 확인자료가 될 것 같은데 아쉽군요.
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 nice_... |
::: 제가 처음에 의심하지 않았던 이유가 그것입니다. 분명 다른 노이즈도 있었기 때문이지요. 그런데 동일 샘플을 독립적으로 실험을 하게 되면 노이즈가 완전히 같지는 않지만 매우 유사해지는것을 경험했었습니다. HPLC에서였지만요.. 아무튼.. 동일 시료를 가지고 독립적으로 실험을 해서 자료를 조작했을 가능성이 가장 큰것 같군요..
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 gene9... |
::: moon9...// 가능하시면 의견 많이 올려주시면 고맙겠습니다. 단 1%라도 저에게 부족함이 있어서 잘못한 것이 있다면 적선하신다 생각하고 보태주시면 고맙겠습니다.
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 s_lon... |
::: 글쎄요...저는 저 software를 다뤄보지 않아서 정확하게 이해를 못하겠더군요..'아릉'님의 의견을 듣고 싶군요.. 저는 MALDI-TOF 같은 결과 data는 cut-off 조정하고 scale 조정하면 peak 모양이 상당히 달라보이던데요...비슷한 경우가 아닐까 하고요
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 moon9... |
::: 아울러 좀 DNA fingerprinting에서 allele frequency에 대한 축적된 자료가 있는지 아릉님께 여쭤보고 싶네요. (황교수건과는 무관하게요)
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 gene9... |
::: s_lon...// 다른 게 문제가 아니고 너무나 같아서 문제인 것입니다.
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 nice_... |
::: 다른건 몰라도 이런 경우는 분명 raw data가 연구원의 노트에 붙여있을게 확실합니다. 세포 사진이야 컴터에 저장되어 있고 레이블만 조작해도 쉽게 확인하기 힘들지만 이런 그래프 실험은 raw data만 보면 분명해지는건 자명한 일입니다. 이것이 공개가 되어야겠군요....
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 s_lon... |
::: scieng에도 전하려 했는데 거기 traffic 초과로 접속이 안돼네요...가입 3년만에 scieng에 트래픽 초과를 보게 될 줄이야....ㅋㅋ
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 gene9... |
::: moon9...// 기존 동물 마커들의 경우 레퍼런스 보면 적용한 집단에 대한 allele frequencey가 나와 있습니다. 이것은 절대적인 것이 아닌 적용하는 대상에 따라 그때그때 달라집니다. 이것으로 집단간 근연관계나 차이 등을 설명합니다. 저희 랩에는 특정 동물에 대한 연구를 하고 있고 그에 적용 집단에 대한 축적 자료는 있습니다.
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 s_lon... |
::: gene9님/ 그러니까요..... 제가 궁금한것은 한 데이터에 대한 프로그램상의 수정을 했을 것으로 보시는지 아니면 moon9님의 말씀처럼 같은 PCR product를 같은 2회 running 했다고 보시는지요..??
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 moon9... |
::: 올려주신 파일에 전공자나 비전공자의 이해를 돕기 위해서 같은 샘플을 다른 tube에서 PCR 반응을 수행한 후 같은 조건으로 running했을때 peak이 약간의 다른 패턴으로 나온다는 자료를 첨부할 수 있었으면 좋겠습니다. 가지고 계신 자료가 있는지요? 제가 가지고 있는 것은 중복되는 것이 없네요.
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 skych... |
::: 오마이뉴스에 김형태 변호사의 인터뷰가 실렸네요. 상황이 참 재미있습니다. 안규리 교수와 황 교수께서 추천한 변호사께서 DNA 조사 검증을 하자고 제안하고 있는데, 두분께서는 거부하고, 또 언론들은 이 변호사가 pd수첩 방송에 개입하고 있다고 오보를 내고... DNA 지문조사로 검증하면 아릉~님의 문제제기도 쉽게 풀릴 수 있는데.. http://www.ohmynews.com/articleview/article_view.asp?at_code=297358&ar_seq=1
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 moon9... |
::: 전 친자확인이나 개인식별검사를 주로 하여 HUMAN에 대한 frequency가 있어야 하는데 한국인을 대상으로 한 data가 매우 미약하네요. ^^;;
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 gene9... |
::: moon9...// 따로 제품을 연구개발 하는 경우가 아니라면 소규모로 데이타 모으는 것은 별 의미가 없을 것입니다.
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 gene9... |
::: s_lon...// PCR product를 독립적으로 2회 running해도 저런 결과가 나오기는 힘듭니다. Loading하는 volume이나 capillary가 서로 다른데 똑같을 수는 없지요.
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 sl046... |
::: 오메, 12월말까지 프로포잘 하나 써야 되야되는데 자꾸 숙제가 늘어나는군요. 자료조사도 다 안끝났는데 클났군. 방법은 그냥 잠안자고 월화수목금금금....--
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 eouia... |
::: 한림원의 원로분들께도 보내시면 좋겠습니다. 이러한 의혹을 해소해달라구요. 오늘 뉴스보니 한림원에서도 드디어 무거운 몸을 움직이시던데...
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 gene9... |
::: eouia...// 다행이네요. 굳이 보내지 않더라도 이 목소리들이 들어갈 것입니다.
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 blue |
::: 일단 단시간에 종결될것 같습니다..그런데 걱정되는 것이 국민여러분들이 공황상태에 빠질 것인데 어떻게 수습을 해야할지를 지금부터 고민해야할것 같습니다...이사실이 빨리 황교수님께 보고되고 대책을 준비하는 것이 바람직합니다...지금모니터링하고 계시는 황교수님팀 여러분 사실을 전달해 주세요....부탁합니다...퇴장준비를 해 주십시요...정말 중요합니다.황박사님을 잃고 싶지않습니다....연구를 할 수있도록 방법을 찾으세요....
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 moon9... |
::: 내일 실험실에 출근하면, 반복 실험한 data가 있을 겁니다. peak은 제 위치에 있으나 background 등이 조금 다른 data는 있을 것 같습니다. 첨가해도 좋을 듯 합니다. 눈썰미가 대단하시군요. 그러나, 이 data 조차도 황교수 측에서는 발뺌을 할 것 같은 느낌이 드네요.
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 moon9... |
::: 제 생각에는 독립적으로 2회를 수행한 것 같습니다. 1회 run한 data라면 오른쪽 부분에 noise(잡 peak)가 약간 다른 패턴으로 나타나는 것을 설명할 수가 없습니다. genescan file의 사본이 아니라, 같은 PCR product를 다른 run에서 걸었을 가능성이 높아 보이는데요. 아닌가요?
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 nice_... |
::: moon9님의 말씀에 동의합니다. 제가 처음에 의심하지 않았던 이유가 약간 다른 패턴으로 나오는 노이즈때문이었습니다. 제가 생각이 모자랐지요.. 동일 샘플을 독립적으로 걸었을 경우를 미쳐 생각치 못했습니다. 가능성이 매우 큰 증거가 되겠군요...
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 gene9... |
::: moon9...// 그럼 Donor = NT-hESC가 되서 NT-hESC는 음따~가 되는건데요. 맞나요?
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 moon9... |
::: 황교수 측에서 사용한 기기인 ABI310은 capillary가 하나 밖에 없으므로, 어차피 다른 run으로 걸 수밖에 없지요. raw data에 시간이 적혀져 있을 것으로 생각이 되는데 역시 안보여주겠죠?
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 sl046... |
::: moon9/님 말씀대로 발뺌을 할 것이라 저도 생각합니다만, 그런데 어떤 식으로 발뺌을 할까요? 이거야말로 전문가에 의한 전문적인 문제제기인데 말입니다. 여러분이라면 어떤 식으로 발뺌을 하게 될 것 같습니까? 앞에 어떤 분이 말씀한 상대의 게임플랜을 한번 예측해 볼까요?
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 spart... |
::: 글쎄요... 일단 모니터링을 하고 있는 건 저쪽이니 우리가 이렇게 계속 공개적으로만 행동한다면(물론 그게 옳습니다만) 저쪽에 대응할 시간을 벌어주는 결과이니... 양심적인 언론인이 나서서 검증(ㅠ,ㅠ 이것도 힘들겠군요...) 일단 네이처에 제보하고 한림원을 어떻게 좀 압박했으면 좋겠는데 말이죠...
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 gene9... |
::: moon9...// 확실한 얘기군요. Capillary의 조건과 런닝 버퍼의 조건도 조금은 달라질테니 noise도 달라질 수 밖에 없는데 말입니다. 이것마저 같다면? 다르더라도 아주 미세하게 다르다면? 1개의 pcr product를 두 번 런닝하든, 1개를 카피해서 둘로 나누어 실었던 어쨌든 결론은 같아질 것 같네요.
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 gene9... |
::: spart...// 자체 해결하는게 제일 낫습니다. 괜히 외국에 먼저 알려지면 더 부끄럽잖습니까? 어차피 사이언스랑 네이처는 황교수 건에 대해서는 서로 으르릉이니...
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 spart... |
::: 서당개 삼년이면 풍월을 읊는다고 이제 여기 올려진 글들을 조금씩은 이해하게 되는군요...^^
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 blue |
::: 발뺌한다면 피해를 최소화 하기 위해서는 영어로 번역해서 사이언스 편집자측에 보내는 것입니다. 그것을 보고 가만히 있다면 사이언스는 멸망입니다.. 사이언스에 보냈는데 반응이 없다는 사실을 네이쳐에 알리면 게임은 끝입니다...전에 먼저 황박사님측에서 나서야 합니다...바보 아닌 다음에야 무슨 뜻인지 말것으로 생각됩니다
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 gene9... |
::: spart...// ㅎㅎ... 감축드리옵니다~ *^^*
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 spart... |
::: 아릉님 그것은 황교수가 잘못을 인정한다는 가정하에서겠죠... 저도 동의는 합니다. 황교수가 이제 모든 걸 다 털고 당당하게 검증을 받았으면 좋겠다는 생각뿐입니다.
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 gene9... |
::: tamaf...// 어차피 퍼져 나가게 되어 있습니다. 다만 이곳에 오시는 분들만이라도 충분한 생각을 해 보시는게 좋을 것 같습니다. 무작정 쿵~ 하고 닥치는 것보다는 이것 저것 생각해 본 후에 쿵~ 하는게 낫잖습니까?.
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 gene9... |
::: spart...// 어떤 식으로 인정하지 않으실런지 저도 궁금합니다.
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 blue |
::: 아무 곳이나 퍼터리면 나라 망신입니다...그러니 황박사님측에서 논문의 완벽성이 부족하다고 사이언스에 핑게를 대고 자진철수를 하는 것입니다...그것이 최고 입니다...그런데 황박사님 측에서 이해를 할지...지금의 사태를요..
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 moon9... |
::: gene9...//님께서 말씀하신대로 < Donor = NT-hESC가 되서 NT-hESC는 음따~>는 것은 지금 결정할 것이 아니라 판단되구요. peak의 패턴으로 봐서는 무서울 정도로 유사한 것은 사실입니다. 아무리 같은 사람의 샘플이라고 해도 위끝이 갈라지는 패턴이 유사하네요. 그러나, Green(VIC ; D3S1358, TH01, D13S317, D16S539, D2S1338) : 12, 6, 7, 2, 8 중에서 2반의 D16S539 즉 12번 peak은 모양이 다르구요. 8번의 TH01의 9번 peak은 생긴게 다른 양상입니다. 다른 것들은 유사하다고 볼 수 있네요. ...
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 gene9... |
::: moon9...// 네, 고민스런 peak가 몇 개 있었던 것은 사실입니다만, 그렇다고 제시한 문제점 전체를 부정할 만한 것은 아닙니다. 제시하지 않았던 다른 것도 있었기 때문입니다.
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 moon9... |
::: gene9...//제시하신 문제점 전체를 부정하는 것은 아니구요. 황교수님 입장에서 data를 보아봤습니다. <이런걸 어떻게 같다고 하느냐?>라고 할만한 peak을 지적해보았습니다. 높이는 다 똑같네요. 이거 하나로도 의문점은 충분할 수 있습니다. 그나저나 자꾸 좋지 못한 쪽으로 치닫는 느낌이 들어서 불안합니다.
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 gene9... |
::: *^^* 제목 바꾸었습니다. 주제가 '아릉'이 아닌데 말입니다.
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 moon9... |
::: 생명과학인이신 이 아이뒤(moon9...)의 주인공, 사랑스런 마눌님께서 자라고 성화셔서 내일 좀더 생각해봐야 겠네요. *^^* 좋은밤 되세요. (같이 밤을 못 새드려서 죄송)
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 nice_... |
::: 세포 염색 사진은 편집상의 오류라 치더라도 이 그래프 데이터는 오류가 일어날 수 없는 것 아닌가요?? 고의적 조작이라고밖에는...
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 gene9... |
::: moon9...// 안녕히 주무시구요, 회원제로 바뀌고 바깥 분위기도 초췌한 병원침대를 보여줘서인지 오늘은 조용하네요. ㅡ.ㅡ;
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 nice_... |
::: 영국의 돌리의 경우 논문에 이러한 검증이 있었습니까? 있었다면 그 데이터를 함께 보이면서 유전자가 같더라도 왜 peak이 약간씩 달라보여야 하는지에 대해 일반인들이 쉽게 수긍할 것 같습니다만.. pubmed에서 찾을려고 해도 찾기 힘들군요...
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 gene9... |
::: nice_...// 굳이 그것까지 찾아야 할 필요는 없을 듯 한데요. 작년 황교수의 논문 데이타가 있잖습니까?
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 dorot... |
::: 김형태변호사도 그렇고 요윗글 디씨에 관련된글도 그렇고 슬슬 억압됐던 분들의 목소리가 나오고 있는것 같습니다. 최선은 황교수팀 회유로 검증을 하게하는것이고 만약 이번에도 또 발뺌하고 비논리로 얼버무리면 싸이언스와 네이처로 전송한다 순이 되는건가요? 제발 이번엔 과학자의 모습을 보여주셨으면 합니다. 아릉님 고생많으셨습니다 지금 역사를 만들고 계신겁니다 ^^ 이 노력이 부디 바른길로 흐르길 바랍니다. 틀린걸 틀렸다고 말하는 사람이 이단자로 몰리고 배척당하는 이상황이 하루빨리 끝나길 바랍니다~~~건승~^^
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 nice_... |
::: 그렇군요.. gene9님의 리포트에 이미 올려져 있는걸 제가 보고도 다른 예인줄 알았습니다. 다시 확인했습니다. ^^
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 chian... |
::: 막스플랑크에서 포닥질 하고 있습니다. 정말 무섭습니다. 이쯤이면 쪽팔려서라도 자진해서 retract해야 할 것 같은데요... 올 봄에 인도 학생놈이 황박사 사이언스 페이퍼 봤냐고 그리고 아냐고 해서 좀 안다고 그러는데 옆에 제 보스가 뭔일이냐고 하면서 묻길래 아주 자랑스럽게 한국인 황박사가 환자로부터 stem cell 만들었다고 그래서 면역거부반응을 피해 갈 방법을 찾았다고 떠벌렸는데... 쪽팔립니다. 제 보스 사이언스 에디터인데...제길....
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 gene9... |
::: chian...// 에그그... 어떻한대요...
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 aster... |
::: DNA fingerprinting은 종종 접합니다만 그래프 조작 가능성은 적어 보입니다. 글쓰신 분이 지적하신 노이즈 중 상당수는 정확히 일치하는 게 아니라 비슷한 부위에 모여서 보일 뿐이며, 어떤 노이즈를 지적하신 부분은 전형적인 stutter 더군요. stutter는 거의 피크와 일정한 거리를 두고 나타나므로 서로 다른 샘플에서 동일한 유전자형의 피크가 나타날 경우 stutter의 위치도 같게 나올 수 있습니다. 저도 피디수첩측이 검사한 줄기세포의 유전자형이 환자 체세포와 불일치한 점에 대해 매우 큰 의혹을 가지고 있습니다만 그래프 조작의 가능성은 극히 희박하다고 봅니다. 굳이 그래프 조작이라는 고된 작업을 하지 않고 체세포 DNA 뽑은 것을 몇개로 나누어서 실험실에 가져다 주면 같은 유전자형을 보이는 복수의 그래프를 얻을 수 있는데 그런 번거로운 작업을 할 동기가 별로 없습니다.
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 nice_... |
::: stutter가 몇개 있다손 치더라도 피크의 굴곡이며 하나의 피크상에서 나타나는 노이즈까지도 너무 닮아있지 않나요? 그래서 동일 샘플로 두번 찔러서 나온 그래프 데이터가 아닌가하고 강하게 의심하고 있는데... 동일 유전자를 갖는 체세포 DNA를 서로 다른 dish에서 독립적으로 뽑아서 복수의 그래프를 얻을 수 있지만 저런 노이즈까지는 닮지 않을거라고 봅니다. 제 생각은 님이 제시하신 보다 reasonable한 조작 방법(?)을 쓰지 않고 그것도 귀찮으니 동일 샘플(이것이 체세포든 줄기세포든)을 그저 두번 달려서 데이터를 뽑은것으로밖에 보이지 않는데... 어떻게 생각하세요??
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 gene9... |
::: aster...// 노이즈는 부수적인 문제입니다. 또한 stutter band와 노이즈는 다른 것입니다. 메인 피크들을 살펴보십시오. 높이는 소프트웨어적인 것이고, 아무 의미도 없는 것들이니 넘기고, 서로 다른 DNA 추출물을 서로 다른 PCR 반응을 하고, 서로 다른 양을 기계에 넣고 분석을 하였는데도 불구하고 불규칙성(뒤틀린 모양, 꺽임, 휘어짐, 파임)들은 어떻게 설명하시겠습니까? 그리고 ABI310 기계는 1 capillary만 가진 기계라서 한번에 한 샘플만 분석 가능합니다. 그렇다면 동일 PCR product라도 분석시 함께 들어가는 gel과 버퍼의 조성이 미세하나마 달라지기 때문에 결코 같은 불규칙성을 가질 수는 없습니다. 다시 한번 살펴보시기 바랍니다.
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 nice_... |
::: 저는 DNA fingerprinting의 경험은 없지만 HPLC나 MALDI의 peak을 많이 봐왔습니다. 동일한 단백질일지라도 샘플링이 독립적이었다면 노이즈까지 저리 같게 나온 경우는 보지 못했습니다. major peak들은 당연히 거의 같은 위치에서 나오지만 paek의 노이즈는 달라야 하지 않을까요?? 더군다나 동일 샘플을 다시 기계에 찔렀을때도 노이즈는 상이하게 나왔고 그게 정상이라 생각됩니다.
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 nice_... |
::: gene9..// 그렇다면 동일 샘플을 독립적으로 찔렀다고도 볼 수 없는건가요?
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 oh22 |
::: 흑.. 전 지금 hwp가 없는데 (외국이라 -_-) word 로도 올려주시면 안될까요?
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 valen... |
::: ohh22님 한글뷰어2002를 설치하세요. 포털 등 공개자료실에서 한글과컴퓨터사의 다운로드 링크로 연결됩니다.
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 chaos... |
::: 또다른 manipulation이 드러나는 순간이군요. 언론이 너무 부추겨서 그런가? 마음은 급하고..
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 gene9... |
::: crc80...// 죄송합니다만, 사실이 아닌 내용을 통해 결과를 단정지으시면 이 문제에 대한 진지함이 반감됩니다. 자제하시길 부탁드립니다.
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 deuts... |
::: 아릉// 아직 계십니까? 그냥 혹시 계시나 궁금해서 불러봤습니다. ^^ 오늘밤은 조용하군요.
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 gene9... |
::: deuts...// 넵, 있습니다. 그런데, 이글이 페이지가 넘어갔네요. 그렇지만 의미있는 밤이었다고 생각합니다. 많은 분들에게 알릴 수 있었고, 3시 30분 현재 1913건의 다운로드가 있었네요. 전국 각지에 계신 분들이니 나름대로 돌고 돌 것이라 생각합니다. 사이엔지에도 토론중이고, 디시에도 부분적이지만 이런 저런 얘기들이 돌고 있구요.
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 gene9... |
::: 꾸준히 문서가 다운로드 되고 있네요. 5분도 안되는 시간에 20분이 또 받았습니다. *^^* 페이지도 넘어갔고 했으니 저도 이만 물러갈까 합니다. 밤이 깊었네요. 편히들 주무시기 바랍니다.
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 deuts... |
::: 안녕히 주무세요 ^^ 저도 오늘 다운해서 받아보고,,,그때에 봤던 내용이 대부분이지만 그래도.. 님의 성실한 정리에 감탄을 했더랬습니다
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 koolm... |
::: 궁금한 게 있습니다. raw 시그널을 분석에 용이하도록 scale을 조정해서 다시 그리는 바람에 저렇게 유사하게 보일 가능성은 없습니까? 글자 C와 G를 가까이서는 구분하지만 멀리서 보면 흐려져서 구분 못하고 같은 글자로 보는 것처럼요. 저도 첨부된 2004년 데이타를 봤기 때문에 저럴 가능성은 희박하다고 보지만, 그래도 의견을 듣고 싶군요. ABI 테크니컬 서포트측에 모르는 척 의견을 구해보는 것도 좋은 방법일 듯.
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 gene9... |
::: 100개 중에 40개가 저런대요? 그것도 고르고 고른 겁니다. 심증은 가지만 싣지 않은 것도 있답니다. |